Có rất nhiều hình thức thanh toán điện tử trên toàn thế giới, tùy thuộc vào mỗi quốc gia, mỗi khu vực mà họ sử dụng và chấp nhận các hình thức thanh toán điện tử khác nhau. Có rất nhiều quan điểm khi phân nhóm các hình thức thanh toán điện tử nhưng nhìn chung, có thể chia thanh toán điện tử thành các hình thức chính như sau.

Hệ thống thanh toán bù trừ liên ngân hàng

Hệ thống thanh toán bù trừ liên ngân hàng cho phép chuyển khoản, thanh toán bù trừ và thanh toán tiền giữa các ngân hàng. Các tổ chức nằm trong mạng lưới hệ thống thanh toán bù trừ liên ngân hàng có thể kể đến Hiệp hội Viễn thông Liên Ngân hàng và Tài chính Quốc tế (Society for Worldwide Interbank Financial Telemunication - SWIFT), Fedwire, Hệ thống thanh toán bù trừ liên ngân hàng quốc tế (Clearing House Interbank Payment Sytstem - CHIPS) và Hệ thống thanh toán bù trừ Úc.

Thanh toán bù trừ là một quy trình kế toán theo đó các ngân hàng xác định tổng số tiền mà họ nợ các ngân hàng khác hoặc các ngân hàng khác nợ họ (dựa trên thanh toán liên ngân hàng) và sau đó trả cho nhau số tiền chênh lệch để cân bằng sổ sách[5].

Hệ thống chuyển tiền điện tử (EFT)

Chuyển tiền điện tử (EFT) là việc chuyển tiền từ tài khoản ngân hàng này sang tài khoản ngân hàng khác một cách tự động. Những giao dịch thanh toán EFT được thực hiện dựa trên hướng dẫn thanh toán. Thông tin hướng dẫn thanh toán bao gồm tài khoản thanh được sử dụng để thực hiện giao dịch và thông tin chi tiết tài khoản của người nhận tiền, và nó được cung cấp bởi người trả tiền cho tổ chức tài chính của họ.

EFT thường được được sử dụng cho các thanh toán B2B, hoặc thanh toán bán sỉ. Ngoài ra các doanh nghiệp cũng sử dụng hệ thống EFT để nhận thanh toán từ nhiều khách hàng. Sau này, hệ thống EFT còn được sử dụng để trả nợ, thanh toán hóa đơn tiện ích, thanh toán thuế, chuyển khoản liên tài khoản,...[5].

Hệ thống trao đổi dữ liệu điện tử tài chính (Financial EDI)

Hệ thống trao đổi dữ liệu điện tử tài chính là trao đổi điện tử thanh toán, thông tin liên quan đến thanh toán và các tài liệu liên quan đến tài chính ở định dạng chuẩn giữa các đối tác thương mại và kinh doanh. Cụ thể hơn, người trả tiền có thể gửi cho tổ chức tài chính của mình một hướng dẫn thanh toán hoặc tư vấn chuyển tiền dựa trên EDI, trong đó, tổ chức tài chính sẽ thực hiện thanh toán (thông qua một nhà điều hành thanh toán bù trừ tự động) với tổ chức tài chính thanh toán. Tổ chức tài chính từ người được trả tiền sau đó sẽ gửi cho người nhận tiền lời khuyên chuyển tiền, cũng có thể dựa trên EDI.[6]

Hệ thống thanh toán trực tuyến (IPS)

Sự phát triển của Internet và thương mại điện tử đã kích thích nhu cầu giao dịch trực tuyến. Hình thức này rất phù hợp đối với các giao dịch nhỏ và chi tiết, diễn ra thường xuyên trong cuộc sống hằng ngày. Hiện nay trên thế giới có rất nhiều công ty cung cấp dịch vụ này, ví dụ như Planet Payment, Total Merchant Services, Merchant Exchange Services…Để sử dụng dịch vụ thanh toán điện tử các doanh nghiệp cần phải có một tài khoản thương mại và một cổng thanh toán điện tử. Có thể kể đến các hình thức thanh toán điện tử trực tuyến thường gặp dưới đây.

Thanh toán trực tuyến dựa trên hệ thống của bên thứ ba

Hệ thống sử dụng các bên thứ ba để thiết lập niềm tin giữa hai bên đàm phán, bằng cách cung cấp ủy quyền cho cả hai bên. Ưu điểm lớn của phương pháp này là nó thực sự cung cấp cách xác minh danh tính của các bên liên quan, để các bên trong giao dịch có thể tin tưởng lẫn nhau[7].

Thanh toán giá trị nhỏ

Micropayments là hệ thống cho phép người mua thực hiện các khoản thanh toán giá trị nhỏ mà không mất bất kỳ khoản phí dịch vụ nào[8]. Hệ thống thanh toán này dựa trên khái niệm tiền điện tử. Tiền điện tử kết hợp sự tiện lợi của máy tính với bảo mật và quyền riêng tư cải thiện hơn so với tiền mặt. Tiền điện tử có thể lưu trữ giá trị và trao đổi giá trị điện tử hoặc kỹ thuật số. Đây là hình thức đang được áp dụng rộng rãi vì tính thực tế của nó đối với sự phát triển thương mại điện tử hiện nay.

Thanh toán trực tuyến bằng thẻ

Với hình thức này, khách hàng được sử dụng trực tiếp thẻ tín dụng, thẻ ghi nợ hoặc thẻ thông minh để thanh toán cho giao dịch. Người dùng được yêu cầu cung cấp thông tin chủ thẻ để thực hiện thanh toán trực tuyến.[3]

Thẻ thông minh đã được sử dụng rộng rãi tại các nước Châu Âu và châu Á trong 2 thập kỷ gần đây. Các hệ thống thanh toán điện tử dựa trên thẻ thông minh. Trong các hệ thống này, số dư tài khoản được lưu trữ ngay trên chip của thẻ, không cần phải lưu trên một tài khoản bên ngoài tại ngân hàng, điều này cho phép các trạm đầu và cuối trong giao dịch quyết định luôn việc chấp nhận thanh toán từ thẻ hay không mà không cần phải nối mạng về trung tâm ở ngân hàng.[9]